Los ríos más importantes que pasan por Alemania son, ordenados por el lugar donde desembocan:
- en el mar del Norte: río Rin y sus principales afluentes el Mosela, el Meno y el Neckar, el río Weser y el río Elba y sus principales afluentes, el Havel y el Saale.
- en el mar Báltico: río Óder
- en el mar Negro: río Danubio y sus principales afluentes el Inn, el Isar, y el Lech.
Óder: Nace en la República Checa y recorre el oeste de Polonia. Forma parte de la frontera entre Polonia y Alemania.
Danubio (Donau): es el río más largo de la Unión Europea, y el segundo más largo del continente europeo, tras el Volga. Nace en la Selva Negra y se extiende 2.888 km hasta el Mar Negro en Rumania. Pasa por numerosos países, además de Alemania: Austria, Eslovaquia, Hungría, Croacia, Serbia, Rumania, Bulgaria, Moldavia y Ucrania.
- Inn: discurre por Suiza, Austria y Alemania. Tiene 517 km de longitud. Nace en los Alpes suizos, en el extremo oriental del cantón de los Grisones y atraviesa la región austríaca del Tirol y su capital, Innsbruck.
- Isar: es un importante río de Baviera que tiene un recorrido de 295 km. Nace en el Eiskarlspitze (Alpes austríacos), pasa por Múnich.
- Lech: El río Lech es un afluente derecho del río Danubio. Mide 285 km. Nace en Vorarlberg, atraviesa el Tirol y desemboca en el Danubio en Baviera.
Weser: formado en Hannoversch Münden por la confluencia del Fulda y el Werra. Pasa por los estados de Hesse, Baja Sajonia, Renania del Norte-Westfalia y Bremen. Tiene una longitud de 452 km.
Elba (Elbe): nace en Bohemia, pasa por las ciudades alemanas de Dresde y Magdeburgo y desemboca cerca de Hamburgo en el mar del Norte. Tiene una longitud de 1165 km.
- Havel: mide 325 km y hasta llegar al Elba pasa por los estados de Berlín, Brandeburgo y Sajonia-Anhalt.
- Saale: nace cerca de Zell, pasa por Hof, Saalfeld, Rudolstadt, Jena, Naumburgo, Weissenfels, Merseburgo, Halle y desemboca en el Elba cerca de Barby. Tiene una longitud de 413 km.
Rhein: 1.320 km, navegable en un tramo de 883 km entre Basilea (Suiza) y su delta en el mar del Norte. Nace en los Alpes suizos (Cantón de los Grisones) y sirve como frontera natural con Liechtenstein. Los principales puertos del Rin son Róterdam, Duisburgo, Mannheim, Ludwigshafen, Estrasburgo y Basilea.
- Mosel: discurre por el noreste de Francia (313 km), el este de Luxemburgo y el oeste de Alemania. Nace en el macizo de los Vosgos (Francia). Mide 560 km, durante 39 km forma la frontera entre Luxemburgo y Alemania, y 208 km exclusivamente en Alemania.
- Main: mide 524 km. Atraviesa Baviera, Baden-Wurtemberg y Hesse y la comarca vitivinícola de Franconia. Nace cerca de Kulmbach. Su recorrido transcurre solo por territorio alemán. Da nombre a la ciudad de Fráncfort: Frankfurt am Main, para diferenciarla de Frankfurt an der Oder.
- Neckar: pasa por Baden-Wurtemberg. Nace en Schwenningen, en la Selva Negra, en el distrito de Villingen-Schwenningen. Mide 367 km y desemboca en el río Rin a la altura de Mannheim.
En la parte navegable de estos ríos hay barcos que permiten hacer excursiones para ver las cuencas que bañan.
